A continuação da épica fase de Sophie Campbell! Com o fim do Jogo do Armagedom, novos grupos competem para preencher o vácuo de poder em Nova York, desde novos clãs ninja até a polícia, e até mesmo antigas ameaças como o Dr. Barlow. Após o Jogo do Armagedom, os irmãos Hamato estão tão divididos que nem conseguem concordar sobre qual é a maior ameaça. Com a cidade vulnerável, talvez ela precise buscar ajuda em outro lugar, já que as Tartarugas Ninja podem não ser capazes nem de ajudar a si mesmas, quanto mais Nova York.