O reencontro familiar não saiu exatamente como planejado para as Tartarugas. Mesmo que conseguissem deixar de lado as desavenças entre irmãos, não há tempo para comemorações. Caçados por uma nova força policial reforçada pelo Clã do Pé, liderada pelo implacável promotor Hieronymus Hale, os irmãos Tartaruga precisam enfrentar o pior golpe de suas vidas: Nova York não é mais segura para as Tartarugas Ninja, forçando os heróis mutantes a tomarem medidas drásticas — e se mudarem para os esgotos de Nova Jersey!